继续延续上一季的剧情,原来穆德受了骗,及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层,以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩,一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除,但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔,客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映,加入了一些角色及内容,“辛迪加”组织的阴谋越来越明显,穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。。距离梅格林去世已经过去了一年,但是叶赛尼娅还是不能忘记发生过的一切。她不能忘记,也不想忘记。过去的幽灵一次又一次地带她回到失去梅格林的那一天。于是叶赛尼娅试着重新开始生活——她结了婚,丈夫陪在旁边,女儿正在长大,但她梦寐以求的是尽快重返工作岗位。当城市中发生一系列神秘谋杀案时,这样的机会出现了。叶赛尼娅重返岗位,却在第一天再次失去了她的朋友和搭档。她需要能找到杀手的演绎法。为了找到这种演绎法,她需要回忆起梅格林教给她的一切。调查导致耶西尼亚解开了过去的秘密。尚未有时间从一场噩梦中恢复过来的女主人公不得不面对新的噩梦……。公元2186年,人类爆发了精神危机,AI乘虚而入创造“完美世界”和心灵孵化区,只有通过心灵值测评才能通向完美世界。Jacky和渡休一起生活在孵化区内,对完美世界充满向往,在一次心灵评测失败后由于抱怨导致两人心灵值被监视官扣至为零,于是他们找到地下组织“沖激钻”打算非法离开孵化区。但渡休的冒险偷渡方式不被Jacky认同,两人争执致使感情决裂。Jacky担心渡休安危,继而向千灵圣女求援,而千灵圣女则是一具被AI操控的雌雄两性躯体,心灵孵化则是她操控人类的手段。Jacky弄巧反拙,令渡休的意识被强制回收,同时也揭开自己经常回闪情景及头疼的真相!最终,在叛变心灵分析官明和坏死的帮助下,三人开展绝地逃生,一场惊天大战即将爆发……。