故事发生在1963年,时值冷战期间,哑女艾丽莎在政府实验室里工作,是那里的一名清洁女工。年幼时,一场大病夺走了艾丽莎的声音,之后一直至今,她都在沉默之中过着形单影只的生活,全部的朋友就只有画家老头和同事塞尔达。
一天,实验室里拉响了高度戒备的警报,一个神秘的装满了水的罐子被送了进来,艾丽莎震惊的发现,罐子里关着一个半人半鱼的怪异生物。在理查德的带领下,科学家团队想要在这怪物身上提炼出能够制造生物武器的物质,可是在艾丽莎眼中,它不过是一个和自己一样孤独的生命体。随着时间的推移,艾尔莎和怪物之间竟然产生了感情。。一个全身闪红光的哥斯拉在香港登陆,并把港岛和九龙的繁荣商业区破坏後离去。及後东京海底队道亦因为隧道机械主轴溶化不停发生事故,原来哥斯拉身上的冷却系统已破坏,令牠体内核子分裂快速活性化,并变成一座懂得步行的核子厂。同时东京水族馆发生谜一样的事件—水族馆内的鱼被离奇杀害,经研究後发现是一些生活在二亿多年前的地层生物—狄斯亚所造成。在临海副都心,自卫队派出冷冻战车迎战不明生物—狄斯亚及哥斯拉。此时哥斯拉的体温最终到达一千二百度,并可能引发全人类灭亡的核爆……。