遥远的未来,人类散布到宇宙各处,建立了繁荣的文明,名为「EDEN」。但是在600年前突然发生的不明灾害时空震毁掉了这一切,失去了超光速航行、超光速通信等高科技的宇宙进入了人类文明的「黑暗时代」。 而后到了400年前,「白月」出现在行星「特兰斯巴尔」上空,住在白之月的「月之圣母」将 「遗失文明」中对人类有益的技术称为「天惠」教导给人们,也因此建立了特兰斯巴尔皇国。特兰斯巴尔历100年左右,人类得到了制造宇宙船的能力,此后开拓宇宙的一百年间,支配了128个星系,确立了不败王朝的地位。 在某个看来很普通的边境警备舰队下,有一支直属于月之圣母的特殊部队「天使队」。这支由女性组成的特殊部队,驾驶着遗失文明的结晶「纹章机」,专门负责在银河各地搜寻远古的科技遗迹,加以回收管理。。在“索科维亚战役”两年后,雷神索尔识破了洛基的伪装,辗转找到了被放逐到地球的奥丁。然而垂死的奥丁却告知两个儿子,“诸神的黄昏”已经开始,曾遭到奥丁封禁的死亡女神海拉即将重返阿斯加德。与海拉的初次对决中,索尔失去了雷神之锤,他和洛基也被打落至混乱不堪的萨卡星。在萨卡的决斗场上,索尔重逢失踪许久的绿巨人,也见到了曾从海拉魔爪下逃得一生的女武神。
历经千辛万苦,索尔和战友们重返阴云密布的阿斯加德,去正视这注定要到来的“诸神的黄昏”……。