叶玄,昔日云溪大陆万年一遇的天才,被势利眼未婚妻联合魔祖陷害,从此叶玄丹田破碎从天才跌落谷底但因祸得福开启炼体之路,一年后未婚妻前来退婚,叶玄:“退婚?痴心妄想!今日,我先休了你!”。少年齐怀义与父母生活在山幽路僻的齐家村,他自小便对自然万物观察入微,视觉和听觉均优于常人。一日,齐怀义为了帮昏迷的青梅木紫菀寻找医治之法,孤身一人前往鸡鸣山寻找大巫医。半路巧碰一白狐正被一群人围攻双方正激烈斗法。齐怀义趁白狐不注意,走上前去将其一棒打飞,不料却遭到了狐妖的反杀。危机之时,一名仙风道骨的老道挥手之间,便制服白狐救下众人。老道盛赞齐怀义小小年纪心性纯良,明辨是非,当即决定收他为徒传授功法,并应允一同前往齐家村救木紫菀。时间荏苒,岁月如梭,齐怀义经过师傅的悉心教导,早已蜕变成文武双全的健硕青年。道人天启看齐怀义的功法已有小成,便命其和青梅入世历练,走四方路惩恶扬善,除魔卫道。。创圣纪0011年的地球,由于11年前的大异变,人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄取生体能源「Purana」。 另一方面,人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起来。 而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。