故事发生在一群被NIMH(国家智能研究中心)的小老鼠身上,人们利用这些老鼠进行智力开发之类的实验。实验进展得很顺利,老鼠们都有了类似人类的智商,于是他们计划出逃,但是在此过程中一位勇敢的老鼠牺牲了......不过本片的故事讲的并不是这个,而是那位英雄老鼠的妻子如何不畏危险保护自己孩子的故事。 家里的小老鼠生了重病,鼠妈妈想办法医好自己的孩子,在途中偶遇了善良的乌鸦,又差点被坏猫吃了。终于经过一番冒险她成功的将药带回了家,但是她的冒险结束了吗?她的孩子真的得救了吗?。刚参加工作的心理医生玛丽遇到的第一个病人就是患有严重心理疾病的杀人犯马克。目睹了主治医生亚力山德拉对待马克的态度后,在强烈的同情心和职业道德的驱使下,玛丽决定用自己的方式拯救马克。但她的行为违反了院方规定,被发现后,医院决定开除她,救人心切的玛丽在情急之下,私自释放了马克,并和他一起逃至小旅馆,此时她才渐渐发现,马克已病入膏肓,她根本无法控制他,在杀害了旅馆前台小姐后,马克又将黑手伸向了亚力山德拉……。