魔法学院中海螺长老正在给魔法少年们传授海洋知识,幻化成黑雾的海蛇女王突然侵袭魔法学院,不但抓走了海螺长老,还用利用海螺长老的法器海螺吸干了海水。教官意识到海底世界的危险命令魔法少年前往海底世界救援,魔法少年们来到海底世界后很快发现了异样,并将目标锁定住了海蛇女王,原来海蛇女王是海底垃圾辐射后的变异体,野心勃勃的海蛇女王联合电鳗法师、虾兵蟹将在海底世界胡作非为,并利用“海晶”控制缺水的海底精灵们,企图统治海底世界。魔法少年们分析出事件的真相后与海螺长老、海公主、小涂涂等海底精灵齐心协力,不畏艰险,最终战胜了海蛇女王,夺回了海螺,恢复了海底世界的自由和快乐,经过这次的战役之后魔法少年们也更加深刻的明白了不乱扔垃圾,保护环境的重要性。。1958年2月,观测船派飞机接走了南极昭和基地的第一批考察队员们,临走时潮田等人把15只桦太犬拴好,留给即将前来接替的第二批队员。不料,由于天气极度恶劣,第二批队员无法飞赴基地,原计划被迫取消,所有队员将一起回国。潮田和越智强烈要求接回那些桦太犬,但终究无法办到。潮田归国后无法摆脱内心的歉疚,辞去了北海道大学讲师之职,一一走访提供桦太犬的人家前去谢罪。在越智的推动下,稚内市内修铸起了一座铜像纪念这些牺牲的桦太犬。同时,在冰天雪地的南极,有8条桦太犬挣脱了束缚外出寻找食物,在严酷的环境中,它们陆续死去。一年后科学考察队再次来到了南极。回到基地的潮田和越智发现了幸存的两条桦太犬……。