《被告人》围绕着一个强力检察官成为死囚逃脱罪名的故事而展开,讲述了故事的主人公是一个未认证过被告人有罪的大韩民国最佳强力检察官,一系列的突发事件是他沦为被关在监狱看守所里的人。而更为糟糕的是他在一系列事件发生之后记忆全部暂时丧失,这为他洗刷冤屈增添了不少的难度。他也进入人生最糟糕的两难选择,开始陷入检察官的迫切殊死的斗争中。。唐大中十三年,民间涌现不少反昏君反腐官的组织,其中以打着“杀富济贫推翻朝廷”旗号的飞刀门的势力最大。飞刀门总部设在靠近都城长安的奉天县境内,为保长安安全,朝廷下令奉天县府将飞刀门成员悉数剿灭。
奉天县两大捕头刘捕头(刘德华)与金捕头(金城武)收到限期缉拿飞刀门新任帮主归案的命令。因怀疑牡丹坊的舞妓小妹(章子怡)是飞刀门前帮主的女儿,刘捕头设计将她拿下押入天牢,后又与金捕头再度设下圈套令金捕头化身义士将她救出,想骗取她的信任查出飞刀门的巢穴,但他不知的是,除了在公务上与金捕头和小妹打交道外,私情上也会与他们有番纠缠。。