21世纪末,人类的科技水平已高度发达,克隆人技术和宇宙航行早已实现,不再是梦想。与此同时,许多科学家仍孜孜不倦追索着人类起源的秘密与真相。通过对许多古老文明的考察与对比,科学家伊丽莎白·肖和查理·赫洛维发现,人类可能是来自一个遥远星系的外星人创造的。在Weyland公司资助下,他们乘坐维克丝所掌管的宇宙飞船普罗米修斯号前往那颗未知的星球。
经过对当地的考察,地球人的设想成功得到印证。可是他们贸然探查“神的秘密”的行为,也将自己引入万劫不复的深渊……。在事件搜查中接受枪弹陷入为昏睡状态的纯8个月后总算醒了。因为一时心脏停止脑有障碍,丢失了作为警官的记忆。 真山从朝仓那儿接到在人山人海的街中,「再开始游戏」的消息。另一方面,恢复的纯在八王子西署就任署长,在派出所首次上班途中遇到女子高中生Misaki说「诅咒的树杀死了人的」。据说伏船神社的神树雕刻“想杀的人的名字”的话那个人物有在7日以内死这样的传言,Misaki写原恋人钱的名字,结果他真的因事故死亡了。很有兴趣的纯立刻在神社神树上刻上了名字,对被刻上名字的人开始搜查...... -。一个6岁的女孩失踪了。6个月之后仍未寻获。女孩的父亲威廉·基恩试图接受女儿失踪的事实。他和一位单身母亲及其幼女结为朋友,他隐瞒他自己的遭遇,想和这对母女重新开始新的生活。。