1757年七年战争期间,英法两军在北美殖民地激战正酣。军官邓肯带队护送长官之女可娜前往威廉亨利堡,半路遭法属印第安人埋伏,莫希干族最后的战士——金卡加、安卡斯父子与白人霍克依出手相救。但抵达要塞时他们发现这里已陷入战火,要塞长官门罗与邓肯做事强硬,不肯放走民兵自降战力,并将霍克依监禁,可娜这时已同霍克依相恋,但却无力援救。英军战事不利弃堡投降,印第安人马瓜带领族人向英军寻仇,可娜与霍克依失散后被马瓜带走,霍克依、金卡加、安卡斯一行进入马瓜族人的营地,以期带回可娜。。正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文(大澄贤也),遇到了突然出现的蓝光,受发光体的影响,导致遗传因子标准的变质,变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后,他(THE ONE)从防卫厅内的特殊机关BCST(对生物工程学的研究机关)的监视下逃走,从此就没了音训。 另一方面,航空自卫队F15J飞行员真木舜一(别所哲也),为了多点时间陪伴患有先天性疾病的儿子继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的事情。但是真木奇迹般地生还,然后转职成为了民航机飞行员,展开了新生活。对这样的真木还是有机关非常关注,尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗,BCST将真木强制带走,在废工厂中搭建的BCST研究室进行身体上的监视。此时行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ON...。