城市在恢复平静后,大反派重新召集旧部卷土重来,并勾结外星恶势力朗格试图称霸地球,忍者神龟李奥纳多、拉斐尔、多纳泰罗和米开朗琪罗与女记者艾蓓丽尔·奥尼尔、弗农·芬威克,及面具义警凯西·琼斯并肩作战打击恶徒。在史莱德逃脱拘留后,他与疯狂的科学家巴克斯特斯·托克曼及其两个笨拙的左膀右臂猪面和牛头联合,发布了一个控制世界的恶魔计划。在神龟们与史莱德及其同伙对抗的同时,他们发现自己正面临着一个力量强大且更加邪恶的大反派格朗,神龟们面对的将是宇宙级的强大对手。。宇宙世紀0087年、地球圏の戦乱は混迷を極めていた。連邦軍のエリート組織「ティターンズ」と反地球連邦組織「エゥーゴ」の内戦の最中、エゥーゴを指揮する立場となったクワトロ(シャア)、ティターンズを我が物にしようと目論む“木星帰りの男”シロッコ、そして「ザビ家」復興を掲げるジオン軍残党“アクシズ”の指導者ハマーン・カーン。三つの勢力の地球圏の覇権を賭けた、政略と軍略が絡み合い、戦局は、巨大レーザー砲へと改造されたスペースコロニー、グリプス2を巡る最終局面へと突き進んでいく。 戦場では、人々の愛情と憎しみが交錯する。エゥーゴを離れ、ティターンズのシロッコの下へ身を寄せる女レコア。シロッコを慕いながらも、エゥーゴのカミーユたちに惹かれる少女サラ。そんな人々の想いを受け止め、Zガンダムは、混迷の戦場を飛ぶ。 そして、ついにカミーユは知る。Zガンダムの持てる...。