未来世界,入侵太阳系的宇宙怪兽军团没有结束。
具有超能力,能够召唤大型机器人少男少女们——“TOPLESS”们组成了宇宙怪兽攻击部队,以此保护太阳系。
少女诺诺崇拜传说中的宇宙飞行员诺诺利利,希望成为一名宇宙飞行员,可是离家出走的她却落得只能打工做餐厅服务员。
机缘巧合,诺诺结识了“TOPLESS”一员拉尔克,拉尔克拒绝了诺诺加入的请求。但此时,地面上突然出现了宇宙怪兽。诺诺被卷入战斗,她隐藏的超能力被激发,宛如超人般的大败了宇宙怪兽。诺诺与拉尔克就此成为战斗伙伴。但是,宇宙怪兽的强大,与世界的真相,远远超乎二人的想象。。ガミラスの侵略を退けてから1年後の西暦2201年、白色彗星帝国が宇宙の各惑星にその侵略の手を伸ばしていた。 地球は復興をほぼ終え、都市は活気づき平和に満ちていた。古代進も護衛艦艦長として輸送補給船団に同行していたが、偶然、発信源不明のメッセージを受信する。そのメッセージは、救いを求めるような女性の声であった。かつてのヤマト乗組員たちは、危機の正体を突き止めるためにヤマトを発進させる。 テレザート星に到着した古代たちは、メッセージの発信者であったテレサを救出する。テレサは、白色彗星帝国が宇宙の星々を次々と侵略しており、次に狙っているのが地球であることを告げる。 白色彗星帝国は地球に迫り、最新鋭戦艦アンドロメダを旗艦とした地球艦隊を全滅させる。ヤマトは白色彗星の渦の中心核に波動砲を打ち込む。彗星は火の玉となって炎上するが、その中から巨大な要塞、都市帝国が...。