在未来,邪恶的天网率领着宇宙大军想要统治地球,司徒乐率领人类顽强抵抗,天网的部队节节败退。为了扭转局势,天网派出大量怪兽回到过去,誓要把司徒乐扼杀在童年时期。在屡屡失败之后,天网决定亲自回去收拾司徒乐一行人。天网设下圈套,把司徒乐和钢铁飞龙送进《山海经》中的异世界,并驾驶亲手打造的机械山海怪兽,对司徒乐他们发动猛攻。孤立无援之际,司徒乐和钢铁飞龙从《山海经》残页中发现了一股神秘的力量,并在这股力量的帮助下召唤出了全新的山海神兽机甲。面对险象环生的山海世界,司徒乐和钢铁飞龙驾驶着全新的神兽机甲,一次次击退了天网的怪兽,踏上了漫漫回家之路。乐乐与扶桑一战,出现了与现实世界中,跟丁佳宜极为相似的角色,在危急情况下,救下乐乐,并触发了某种能量,让钢铁飞龙5个机器人成功合体。打败扶桑的同时,也为下半部的故事发展留下悬念。。国际航空公司的副驾驶员新海元(木村拓哉 饰)一直梦想成为机长。在一次从火奴鲁鲁飞回日本的飞行上,机长水岛突然感到身体不适导致无法继续驾驶。这种突发的危机时刻,因为新海的冷静判断,致使飞机安全降落。因为过失,新海遭到了检察官香田一树(堤真一 饰)的严厉责备和女机械师绪川步实(柴崎幸 饰)的不满。新海感到十分受挫情绪低落。
水岛机长因为身体原因,决定完成最后一次飞行就退休。香田不放心水岛的身体和新人新海,决定陪同他们一起飞行。在飞行过程中,香田见证了新海的专业能力和判断力,对新海有了不用以往的认识。但行事严厉的香田依然秉持赏罚分明的态度,对违反了规定的新海给予停飞一星期的处分,这遭到了新海的不满。一出出航空公司的故事在这里起飞降落。。