时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来,已经过了3年——。 在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球, 与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。 在复兴的同时,为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。 伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有,地球开始迈向扩军之道。 这真的是在无可替代的多数牺牲之后,大和所达成的真正的和平吗? 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿,将大和邀往新的航海。 如今,席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁,正在逼近地球——。。小美和父亲史诺顿博士在绿色原野过着相依为命的生活。某日,博士在偶然之中得到了一块神秘的木刻板,并因此惹祸上身下落不明,留下小美一人过着孤单的生活。小美于无意之中在木刻板上排列的文字,竟然幻化成为了强大的“未知图腾”,为了抚慰小美孤单的心灵,未知图腾制造了美满的幻境令小美深陷其中,随着时间的推移,小美曾经的家被结晶包围,成为了一座结晶塔,而小美的心也渐渐变为冰冷的结晶。
为了满足小美“想要妈妈”的愿望,未知图腾绑架了小智的妈妈困于结晶塔之中,迫使小智不得不踏上拯救妈妈的旅途,然而,小美的心智早已经被污染殆尽,在她的眼中,小智就是一心想要破坏她幸福生活的最险恶的敌人。。