该片围绕祈祯二十年的北梁接连发生离奇杀人案展开,讲述了北梁纪家女仵作纪云舒在女扮男装为衙门画骨查案的过程中,意外结识了王爷景容,两人自此组成搭档、一起侦破离奇杀人案的故事。随着调查案件的深入,七年前御国公府惨遭灭门的尘封真相逐渐浮出水面,一场正邪较量的序幕就此拉开。。王公世铎对玝爷恨之入骨,其子闹市奔马,拖死行人。奕玝出头,导致其子死在狱中。适逢宫中选秀,在慈禧的干涉下,光绪娶其侄女为皇后。大婚将至,内宫却突着大火,烧毁太和门。世铎将此事责任全推给奕玝爷,并诬其偷走宫中文房四宝;幸好光绪为其开脱。大婚之际,奕玝爷找来工匠糊了个纸太和门,算蒙混过关;可文房四宝就没法交差,玝爷只好以宅充抵。
奕玝爷趁此搬往南城小院,这样离心仪艺人朱帘秀近了。在南城,玝爷先与地痞花蝴蝶结仇,后又教王五耍大刀。通过小姨淑美,玝爷认识了具有维新思想的文海澄,推荐给光绪,深为赏识并委以重任。在淑美的捉弄下,玝爷竟闹出了与朱帘秀“私奔未遂”的闹剧。碍于面子,玝爷只身到通州,却掉入了世铎设下的陷阱中,被诬成劫镖之人,拉赴刑场问斩。最终玝爷无罪释放,海澄因此丢了官职。急于报国的奕玝爷目睹慈禧凌驾于光绪之上,发誓要助皇帝亲政。光绪命玝爷送字画给南方的康梁,虽有世铎破坏,终不辱使命。玝爷终于查到朱帘秀父亲之死是因他知慈禧并非旗人身份,玝爷以此逼慈禧支持光绪亲政,慈禧只好答应。维新革命党进京,开始变法维新;最终慈禧发动了政变,变法失败。海澄却因救玝爷将一腔热血撒向了大地。。德川幕府时期,因厌倦无休止的杀戮,崇尚自由的伊贺忍者卡姆依(松山ケンイチ 饰)选择逃亡,他也因此遭到昔日战友们的无休止的追杀。某日,在躲避松山领主水谷军兵卫(佐藤浩市 饰)追杀的过程中,卡姆依结识了砍断领主马腿的渔夫半兵卫(小林薫 饰),并随之回到辛岛隐藏。半兵卫的妻子沙耶香(小雪 饰)曾经也是一名逃往忍者,卡姆依的到来令她心存戒备。不久,半兵卫遭邻人告发,被领主抓走准备处死。卡姆依和沙耶香合作闯入刑场拯救半兵卫。而这次行动也引起了一直追查他们行踪的伊贺忍者的的注意,宿命之战在所难免……
本片根据日本漫画家白土三平的同名原著的第二部改编。。