这是一段攻壳机动队成立前夕鲜为人知而又影响深远的故事。2027年6月6日的一天,隶属陆军机密部队501机关的真室中佐(宫内敦士 配音)在闹市街头被人杀害,此前他曾陷入军火买卖的贿赂丑闻不得脱身,他对死亡背后自然隐藏着无数谜团。阴雨之夜,试图取回真室电子脑的公安9课课长荒卷大辅(塾一久 配音)与生化人草薙素子(坂本真绫 配音)在真室中佐的墓地首次相遇。此时草薙还只是501机关负责网络犯罪追查的军人,此行她希望找到倍为尊重的中佐蒙冤以及遇害背后的真相。谁知,棺木中的中佐早已不见了踪影。在此之后,她受到荒卷委托展开调查,并在一连串凶险追查的过程中与前特种部队成员巴特(松田健一郎 配音)和时为新滨县刑警的陀古萨(新垣樽助 配音)邂逅。扑朔迷离的案情,草薙一行被引向未知的彼方……
本片根据士郎正宗的原作改编。。如果有一天,地球上的氧气终将消失殆尽,那么人类的命运又会是怎样的? 本片大胆的想象末日的情景,终于地球上的氧气不再能满足人类的生存需求时,人类将手伸向了大海,而为了可以在海洋中自在呼吸,那么鱼鳃就将是未来人类的必备器官。人类为着这个伟大的自救计划,开始了大规模的残杀“人鱼”和制造有鳃人类的残忍实验。而就是在这样的世代中,一个普通的女孩和“人鱼”相遇了,是否有爱才能够让人自由自在的呼吸?。「-歴史編-」、「-文化編-」、「-勢力編-」の全3話を配信。3人がテーブルシティに向かう前という設定で、ロイが教官となりウインリィとリザにミロスについて解説する。。