故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争,并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后,宽永三年,甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」,与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇,他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标,被卷入了一场意想不到的战争之中。。女记者瑞秋(凯特·贝金赛尔 Kate Beckinsale 饰)从线人处获得了一份情报涉及政府一次相当不光彩的行为。在丈夫雷(大卫·休默 David Schwimmer 饰)支持下刊登了这起新闻报道。政府最终以泄露国家 机密的罪行将瑞秋推上被告席,主审该案件的则是自负的检察官帕顿(马特·狄龙 Matt Dillon 饰)。在法庭上,面对帕顿的层层逼问,瑞秋坦然地叙述了整个事件的前前后后,公众心中的天平也开始往瑞秋方面倾斜,但是艾伦坚持要求瑞秋必须说出资料的提供者是谁,瑞秋逐渐地陷入进退两难的境地。艾伦开始向舆论和瑞秋的家人施加压力,而雷也渐渐地抵抗不住国家给予的压力,建议瑞秋屈服于国家。但瑞秋向雷表达了自己的坚持:真相至上。。