2009年,世界突发异状,本意长眠地下的死者突然复生,自此丧尸肆虐横行,死者众多。为了保护自身安全,人类成立志愿军向丧尸宣战。而相关药物的开发则宣告这场灾难的结束。丧尸从此被称作“部分死亡综合症患者”,通过药物注射他们得以找回作为人的记忆和情感,并慢慢回归社会。青年吉伦·沃克(卢克·纽伯里 Luke Newberry 饰)曾是丧尸中的一员,他满怀期待与父母家人见面,然而家乡充满了不安气氛。虽然志愿军早已解散,但他所在的诺顿村民风彪悍,思想保守,坚决反对任何回归者,而吉伦最疼爱的妹妹洁迈玛(哈丽特·肯斯 Harriet Cains 饰)正是当地志愿军的一员。
漫漫回家路,期间所承受的痛苦远甚于每日的药物注射和非人时期的残酷回忆。吉伦开始了另一种形式的战斗……。应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。