罗格·菲利斯曾是一名穿梭于炮火硝烟中的战地记者,如今他受雇于CIA,成为美国方面潜伏在伊拉克的特工,随时追踪臭名昭著的恐怖分子阿尔萨里姆。他的上司爱德·霍夫曼在遥远的美国坐镇,他凭借手中的电脑掌控大局。
通过一个不愿当人肉炸弹的恐怖分子的供述,罗格得知阿尔萨里姆正在策划新一轮的恐怖袭击。在接下来的冲突中,罗格的助手不幸身亡,自己也多处负伤。就在他还未康复之际,又被霍夫曼派往了阿曼。另一方面,对手不断散播与美国军方达成合作的谣言,这令身处虎穴的罗格顿时陷入莫大的危险之中……。ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合(E.U.)の戦争は大きな転機を迎えようとしていた--。E.U.を混乱に陥れたテロリスト「方舟の船団」。それがユーロ・ブリタニアの計略だと見破ったアキトたちは、その本拠である大型飛行艇ガリア・グランデへ乗り込み、因縁の敵・アシ ュレイと激しい戦闘を繰り広げる。戦闘を見守るレイラだったが、突如アキトたちからの連絡が途絶する。必死の通信を試みるも、アキトたちが不在のヴァイスボルフ城がユーロ・ブリタニアの襲撃を受ける。戦力も無く、兵士もいないレイラたちの前に、聖ミカエル騎士団総帥のシンが操る黄金のナイトメアフレーム・ヴェルキンゲトリクスが森を駆け、圧倒的な攻撃力で迫りくる!wZERO部隊が絶体絶命の時、首都パリでは、スマイラス将軍によるクーデターが決行される。E.U.政権を掌握したスマイラスは国民に宣言する。「レイラ...。