国际安全局的王尚恩率万飞等部下远赴约旦,押送制造天花病毒变体的科学家肯纳,岂料王尚恩叛变将肯纳劫走,万飞头部受重伤,他同队中的心上人也在这次任务中身亡。三个月后,王尚恩等人研制的病毒造成一艘货船上的人们尽数死亡,而他此时准备贩卖疫苗谋取暴利;万飞在医院中被告知头部的子弹无法取出,神经受损导致他两周后会有生命危险,万母向其透露他有一个失散多年的哥哥。为了完成母亲心愿,万飞前往吉隆坡寻找哥哥万阳。飞机上与万飞同行的简博士恰巧是王尚恩一伙准备用来替换肯纳的病毒专家,简博士被王尚恩派出的万阳劫持,万飞出手相救。因为分属不同阵营,兄弟只得拳脚相见……。日本军方为侵华做准备,派遣日本商会进驻广州,一面贿赂军阀,收集情报,成立杀手组织暗杀反日人士,一面走私鸦片,大肆敛财,叶问继任佛山警察局侦缉队队长,立案侦查,本以为依靠法律可以匡扶正义,却遭受上级和日本商会的打压,叶问只能晚上化身黑衣侠维持正义,然而日本商会已然发现叶问身份,布下天罗地网......。