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女皇洞村农民孙长庚与他妻子月儿的好友淘气十几年来都在村后的破窑洞里偷情。改革开放以后，长庚做生意发了财，对月儿更加不愿理睬，并认识了新的情人秀云。月儿发现了长庚和秀云的秘密，认识到必须改变自己的生活地位才能保住家庭和婚姻，于是在县城办起了旅游工艺品厂。村民开始因为长庚的喜新厌旧而冷落他，淘气也开始指责他背弃月儿的行为天理难容。长庚在认识到月儿的价值后，主动向月儿承认了自己的错误。女儿为两人张罗了第二次结婚仪式。。某天，毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信，信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作，依据毛利小五郎的推理，基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天，毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧，在剧场里错综复杂的人群中，基德到底会假扮成谁出现在大家面前，在紧张的埋伏等候中，出现在大家面前的竟然是工藤新一，柯南一方面必须保护宝石，另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一，因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一，一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前，柯南发现假的工藤新一不见了，随即追上，但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过，“命运的宝石”终究是保护住了，牧树里为了表示感谢，邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假，同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时，一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中，又要解开发生在飞机上的密室杀人事件，到底柯南要怎么行动呢？。