1912年春天,当红小生马玉郎,为寻父亲,单枪匹马前往枣庄,一路险象环生,他凭借自己的机智不仅屡屡化险为夷,结识了一群与他的生命息息相关的人,还意外拥有了一口改变他一生的古窑。当上窑主后,他亲自下井,感受到井下工人的艰辛与危险。天津与上海的先进技术更是激发了他要用先进的生产力来改变窑工的工作现状的雄心壮志。面对四大窑主和军阀保守势力的觊觎以及帝国主义对中国煤炭虎视眈眈的双重压迫,他与白双凤、张启之等人立誓要以生命保卫中国这条黑色的命脉。马玉郎,他用了整整十年的时间从戏班的小舞台走向了历史的大舞台,实现了从角儿向实业救国的企业家的蜕变。。位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。