2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。木之幡米拉(高柳知叶配音)曾经和一个男孩许下了“寻找小行星”的约定,随着时间的而流失,虽然米拉和这个男孩早已经没有了任何的联系,但这个约定却依然被铭记在米拉的心间。 为了完成约定,升上高中的米拉加入了学校的天文社,哪知道为了节省社团经费,天文社竟然于今年同地质社合并,变成了地学社。个性老实,沉默寡言,甚至有些害羞的真中苍(山口爱配音)、虽然身为学姐,但却异常柔弱的猪濑舞(指出球亚配音)、常常因为过于认真的性格而被别人误以为在生气的樱井美景(东山奈央配音)、性格大大咧咧,总是活在自己的世界里的森野真理(上坂堇配音),对于天空的热爱将这些个性迥异的女孩联结到了一起。。