1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。罗达是一名毒品专家,毒品贩卖遍及东南亚地区。菲律宾警员艾力无意中逮捕到由香港往菲验货的罗达,由高志鹏受命前往菲押解罗返港,不料途中被罗之手下救走。高虽受重伤亦决意留在菲缉拿罗达归案。此时,艾力和日本国际刑警大岛柔美奉命协助高,由于两人性格不合,闹出不少笑话和误会。但追捕歹徒的过程仍充满凶险,殊不知还有更大的阴谋等着他们。。