大学登山部校友、同时也是好朋友的浅井启介(生田斗真饰)和刘智英(梁益准饰)在登山途中遭遇暴风雪。智英受了重伤,抱着死的觉悟,他坦白了以前在登山途中失踪,被认为是意外死亡的同学·西田小百合是自己杀害的。智英终于从长期以来的负罪感中解脱出来,但随后情况有变,两人都保住了性命。在山中小屋等待救援队到来的时候,两人之间的气氛开始变得微妙起来。。在东京某个位于西国立市的神社内,有三名可疑的男子正在密谈。突然有个戴着假面具的黑影男人出现,他用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此同时,在大阪、京都也相继发生了杀人事件。警方在经过调查后发现,被杀害的五人都是出没于东京、大阪、京都三地,专门偷窃著名佛像及艺术品的窃盗集团“源氏萤”的成员。这个集团以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名,首脑化名“义经”,部下则以“弁庆”为首,各自以家将姓名相称。另一方面,小五郎带着柯南、小兰和园子来到了京都。八年前,位于京都的古老寺院——山能寺中的一尊国宝级佛像遭到偷窃,寺院的住持为了解读一幅可以判断佛像藏匿地点的谜样的画像,因而请来了小五郎帮忙,小五郎一行人展开了调查。。