故事发生在战国时代,普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者,在父亲的劝说下,他离开家乡摄津,进入当时一流的忍者学园学习。在学校,他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子,为人迷迷糊糊,对吃尤为感兴趣;雾丸则是身世贫苦的孤儿,为人精明,贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友,他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然,以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物,乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏……
本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编,改编成动画时,因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。。乔在父亲死后,陪母亲卡特琳娜赴意大利参加歌剧演出,却因寂寞而染上毒瘾,使卡特琳娜份外心痛,对乔百般迁就,竟使两人发展出一段畸恋,在道德觉醒下,幸未造成大错。卡特琳娜不得已将隐藏多年,乔另有生父的秘密说出,为使父母破镜重圆,乔乃前去找寻亲身父亲。 导演用弗洛伊德的精神分析学说来阐述这对母子的行为,认为人的所有意义和能力都源自于性欲的需求,月亮是代表母亲和女性形象的载体,以隐喻母亲对儿子的性影响。