在消灭108名恶路程式的三个月后,泊进之介(假面骑士驰骑)与诗岛雾子因接受调查频发异常现象的命令,而来到“不可思议现象研究所”所在的大天空寺院与月村朱里及御成等人进行接触。
不过这时天空寺尊(假面骑士灵骑)为夺回被上级眼魔偷取的幽灵眼魂而战斗,但进之介因看不见眼魔而误会对方故意玩闹,后来加上诗岛刚(假面骑士冥骑)与深海诚(假面骑士魂骑),及进之介这时拿到冥骑驱动炎变身参战之下更混成一堆,此时朱里使用“不知火”让眼魔现身才打破这个乱局,四人继而合作将敌人击倒并夺回眼魂。。在阻止了1963年的世界末日之后,伞学院回到了现在,确信他们阻止了最初的世界末日,并彻底修复了这条遗忘的时间线。然而在短暂的庆祝之后,他们意识到自己(彻底)失算了。聪明、时尚而冰冷的麻雀学院和伞学院在一场激烈的对峙中发生冲突,然而这远非伞学院最大的麻烦。伞学院将直面挑战、损失和惊喜,并着手处理一个在宇宙中大搞破坏的不明实体(而这可能是他们自己一手造成的)。现在他们需要做的就是说服爸爸的新(也可能更优秀的)家庭,来帮助纠正因他们的到来所导致的错误。他们能否找到回到世界末日前的方法?或者这个新世界不只是时间线上的一个小错误,大难即将临头?。