一天,宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰,一名神秘女子出现,随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人,结果又出现了2台外星机器人,高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险,主动与高斯合体,利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现,他不但启动了两2台外星机器人,并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。
这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序,而是要把地球上所有生物全部消灭!为了自救,世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦,大家没有一点办法,除非奇迹出现。然而,武藏的亲人和队友任坚信高斯和武藏还未死去,他们四处奔走寻找,希望奇迹真的能够出现!。在这个特殊星球的特殊地区,人类诞生了。但是这个世界对当时的人类来说却十分危险。面对随时都会遭到灭顶之灾的情况,人类学着如何生存:学会了取火和耕种;兴建城市和金字塔;创造了交易,精通战争的艺术。我们从谦逊的群类,变成了这个星球的支配者。如今我们才是未来的主宰。。