突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。根据盛不世的同名小说改编。五年前唐诗遭人陷害,以杀人罪被自己的丈夫薄夜亲自送进监狱,狱中艰难生下孩子唐惟。五年后唐诗出狱没想再次遇上了前夫薄夜。。故事以纪录片的方式展开,一队纪录片摄制组采访了一位深居简出的疯人画家,但之后他们发现这位疯子似乎人间蒸发了,而他们这部纪录片成为解谜的关键。而片尾疯子那句“我们到底谁才是疯子?”令人颇感神秘。。