过去,在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱,“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去,千界树一族高举那个圣杯为象征,叛离了魔术协会,宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客,但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。。明治政府建立二十余年,新时代虽已来临,却似乎与人们心中——尤其是维新志士心中的那个理想国度相差甚远。国家仍处在大时代的动荡惶恐之中,战争的阴影仍笼罩在日本的上空。
当年的浪漫剑客如今纷纷尘埃落定:弥彦成长为正直善良的剑客;左之助也少却了青春孟浪,变得沧桑;剑心的儿子剑路同样拜入比古清十郎的门下,誓要成为绝世高手,却与父亲分外隔膜;剑心接受政府的任务赶赴大陆战场,为了赎回前半生的罪过而疲于奔命,逆刃刀从此封存,家中只留下病弱的阿薰苦苦等待。
这不再是关于明治剑客的浪漫谭,这是一个英雄迟暮的哀婉诗篇……。