公海国际共建的卡俄斯岛环境优美,生态资源丰富,是稀有野生动物的最后一片净土。岛上只手遮天的火种生物科技在与资方的一次交易中,不慎走失了两只基因变异的怪兽,造成了一系列伤人事件。但令人万没想到的是,年轻的生物学家宋楠在调查事件过程中,自己的亲生女儿小婷被怪兽掳走。更令宋楠始料未及的是,这两头变异怪兽竟与自己的前妻周茜暗藏关联。一场搜索、制伏怪兽,拯救小婷的艰巨任务就此展开。在这场争分夺秒的较量中,宋楠却在不知不觉,卷入了一场更大的阴谋……。在第二次新吉恩战争、别名“夏亚的叛乱”终结后,地球圈取得了短暂的和平。 这之后3年,宇宙世纪0096年。在工业殖民地“工业7号”上进行了一项秘密交涉。内容为--被认为是地球联邦政府暗中操控的“比斯特财团”将把最高机密“拉普拉斯之箱”交给新吉恩的残党军“袖付”。 另一方面,在安纳海姆工业专门学校就读的少年巴纳吉·林克斯遇见了自称为奥黛丽·本的少女(实为旧吉恩公国次男多兹鲁·扎比之女,美耐巴·扎比)奥黛丽为了制止新的战争爆发,必须组织“拉普拉斯之箱”的交易。巴纳吉在数次帮助奥黛丽之后,逐渐被她所吸引。 随后,地球联邦察觉了这起交易,并进行军事介入,工业殖民地随即化为一片火海。巴纳吉和同伴一边避难一边寻找着奥黛丽,而出现在他面前的是比斯特财团的当家卡迪阿斯·比斯特。奄奄一息的卡迪阿斯将出生的秘密告诉了巴纳吉,并且将箱之钥匙--“机动战士高达独角兽”托付给他...。