东西冷战了170年后的未来,世界被分为东部和西部二个对立面。经常互相对峙,处于极度的紧张状态。在那样的状况中,设立了秘密谍报组织“Zero zero机关”,组织以00号码称呼着间谍部队中的人工控制机械人。
主人公ミレーヌ·ホフマン 属于00号码间谍“9小组”的女性人工控制机械人。代号009-1的她美丽的身体中包藏着许多秘密兵器,并赌上性命进行着谍报活动。。故事紧接着上一部的时间线3年后,第一部的恶鬼力量虽然衰退但却在暗中等待着复苏的机会,很快一些系列的诡异事件开始发生,主角们开始意识到这一次的邪恶力量背后还有更复杂的秘密。。