1950年初,蒋介石因不甘心军事上彻底失败,同时也为了颠覆新生红色政权、阻挠国际社会对我共和国的承认,命令潜伏西南重镇山城里代号“神风”特务组织头目“圣母”利用3月到5月约五十天时间制定一起重大军事打击活动,名为“雷霆计划”。该计划旨在山城五一游行集会来临之际制造一系列白色恐怖炸毁山城,以此来削弱我们新生共和国的力量,并在国际上产生恶劣影响。
潜伏敌特内部的“鸿雁”第一时间将此消息告知西南军区公安部,但也因此暴露了身份英勇牺牲。西南军区公安部长刘之唤命令侦察科长安华立刻带领侦察队正副队长杨帅和周继红全力配合我军另一卧底“长矛”揪出“圣母”,顺藤摸瓜将敌人一系列阴谋诡计彻底粉碎。。2018年,天网系统与人类的战争使世界陷入了末世般的境况,反抗军精神领袖约翰·康纳带队执行一次任务的过程中获得了战胜天网的新思路,而天网系统适时推出了新的目标排名,康纳位居次席,榜首上康纳此时尚年青的父亲凯尔·瑞斯赫然在列。与此同时,一名遗忘了自身过去经历的强壮男子马库斯出现在洛杉矶的废墟中,他与反抗军战士瑞斯偶然结识,并组队前往反抗军总部,不料途中遭机械人袭击,瑞斯被俘。落单的马库斯经由反抗军女战士布莱尔引路,迎来了与康纳命中注定的相遇,但人与机械的对立让康纳不得不视对方为敌人……
瑞斯在天网中心生死未卜,同时反抗军高层不肯推迟强行进攻计划,留给康纳的时间不再充裕,他只能选择进行一场赌上性命与荣誉的潜入行动。。