1928年6月4日凌晨,日本关东军为了侵占我东三省,指使敢死小分队化装成“东北军”,在奉天三洞桥炸毁了大军阀张作霖的专列,爆发了震惊中外的“皇姑屯事件”。但令日本人万万没有想到的是:这个绝密的行动恰巧被一个中国姑娘连海华看了个一清二楚。连海华不但看见而且还拿到了直接罪证:这次行动的特别命令。为了不让这个目击者泄露出事件真相的秘密,日本关东军最高司令部下了死令:务必尽快将其抓住灭口!这个任务落在被号称为关东军“间谍之花”的樱川丽子的头上。樱川丽子不敢怠慢,立即展开了对连海华的一系列追杀。。19年后,印第安纳琼斯博士再次启程,旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中,归还圣物者将被赐予巨大力量。
在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前,这一切还只是传说。可奥克斯之后却不知何故丧失了心智,并落入苏联特工队的手中。为首的冷酷女间谍艾瑞娜深深着迷于所谓的神秘力量,她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域,找寻失落的黄金城埃克托王国。
在秘鲁密林,琼斯等人和苏军展开酣畅淋漓的战斗,其间还伴随着沼泽、食人蚁、原始土著攻击等致命威胁,在他们历经千难万险,最终踏入密室的那一刻,世界上最奇异的景象出现了……。