故事发生在1926年的纽约,彼时,麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰,由玛丽露所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时,街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔,整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。
就在这个节骨眼上,环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特抵达了纽约,他随身携带的魔法手提箱里,装着几十种他一路营救的魔法动物们,而他的一举一动,均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜的监视之下。一场意外中,麻鸡雅各布误拿了纽特的手提箱,并且放出了藏在箱子里的魔法动物,为此,纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。。抗战时期,南京失守,国民党政府迁往陪都重庆。重庆政府决定建立中国的密码情报机构,派遣中共党员特工秦骜去武汉抢夺人称“密码之父”的美国专家雅德利。陆涯帮助国民党特工秦骜从武汉日军手中抢夺出美国情报专家雅德利,共同到重庆谍报机构黑室工作。在武汉,秦骜终于见到失散两年的未婚妻扈渝雯,后者已经成为武汉中共地下党员陆涯的妻子。为了找出潜伏在黑室的内奸“独臂大盗”,“黑室”实施了钓鱼行动,因为只有陆涯生还,故他被认定为内奸。为证明清白,陆涯逃亡,寻找可疑目标,最终找出了真正的“独臂大盗”。但重庆政府高层中还隐藏着更大的日奸,并酝酿着更大的阴谋,为了国家利益,陆涯最终以牺牲生命为代价,击败了敌人的阴谋,保卫了重庆的安全。。