1897年,大韩帝国时代动荡混沌,时有不同罪案发生,别巡检调查队四出调查,找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后,比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝,由此朝鲜便变为帝国,以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革,令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期,然而大韩帝国所追求的新价值,让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。。沈念是天才玄学少女,五年前在山下醉酒和陌生男人共度一夜,意外怀孕。五年后沈念算出孩子沈小宝体内煞气缠身,为了解决煞气带着孩子下山找父亲。刚下山小宝就认了一个残疾男子郁少庭当父亲,郁少庭收留了身无分文的沈念,沈念却意外发现郁少庭就是孩子父亲。讲述了毒品调查科行动组高级督察向荣嫉恶如仇,与情报组高级督察韦世乐亦师亦友,合作无间,为警队屡破毒案。在一次缉毒行动中,世乐发现蛛丝马迹,向荣极有可能是勾结毒犯的神秘黑警。世乐开始暗中调查向荣,加上心术不正的行动组总督察潘学礼从中挑拨,多年兄弟连番角力,矛盾重重的故事。。