日本警视厅特殊部队(SIT)小队长濑文焚流(加濑亮 饰),在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡,面对高层他百口莫辩,最终被调职到公安部公安第五课——不明事件调查科。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件,当然在所谓“科学昌明”的现代化社会,这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外,第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫(户田惠梨香 饰)。在此期间,预言师、神之手等各种各样拥有超能力(SPEC)的人物接连登场。
濑文在和当麻办案的过程中,渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界……。一群年青人为了向恶霸报复,以为年纪最小的同伴庆祝生日为由,筹备了一次划艇之旅,邀请恶霸同行。旅程中,一些队员开始衍生出邪恶的念头,游戏开始变成一项阴谋……。机器人9号突然醒来,发现身边的世界充满危机,四处残败,一片末世景象。9号带着一个画有三个奇怪符号的圆形物体逃到街上,幸遇发明家机器人2号给自己装上了声音,但2号却不幸被机器怪兽抓走。9号找到了老兵1号、机械工5号、疯癫画家6号和大力士8号。9号与5号擅自出行援救2号,危急时被女武士7号救下,但无意中9号却令终极机器兽复活。带着自己从哪里来以及生存使命的问题,9号决定想尽办法制服机器兽,拯救全世界……。