在1920年代的巴黎,日本艺术家藤田嗣治为这城市所爱,他对于裸体女人的独特诠释折服了整个蒙帕尔纳斯艺术圈,他与凡东根、奇斯林、毕加索、蒙迪里阿尼等艺术大师私交甚笃,他的生活可谓多姿多彩,在二战的时候,他回到了祖国日本,他的生活与信仰被战争击碎了,他与自己的妻子隐居在日本北部小城青森,在乡下躲避战争,他也发现一个他从未了解的日本。。一天,宇宙开发中心的上空发现了来历不明的太空母舰,一名神秘女子出现,随后城市受到了外星机器人的袭击。高斯奥特曼及时出现打败了外星机器人,结果又出现了2台外星机器人,高斯陷入危机。武藏看到高斯陷入危险,主动与高斯合体,利用技能让2台外星机器人停止行动。就在此时杰斯提斯奥特曼忽然出现,他不但启动了两2台外星机器人,并且还和2台外星机器人联手杀死了高斯。
这名神秘女子来到地球不是为了维持宇宙的秩序,而是要把地球上所有生物全部消灭!为了自救,世界各国想尽所有办法去解决眼前的危机。地球即将毁于一旦,大家没有一点办法,除非奇迹出现。然而,武藏的亲人和队友任坚信高斯和武藏还未死去,他们四处奔走寻找,希望奇迹真的能够出现!。