故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争,并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后,宽永三年,甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」,与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇,他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标,被卷入了一场意想不到的战争之中。。在本作舞台的2030年代世界中,被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理,所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致,但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界,而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了,魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。。