战略支援部队
22 年前
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故事将讲述阿宝在古代中国的进一步冒险经历，他对功夫的热爱，只有永不满足的胃口能与之匹敌。阿宝试图找到一个新的角色来接替神龙大侠。新反派名叫“变色龙”，可以召唤阿宝过去的反派。。日儿与母上路寻父，母病重，日儿请大夫时，却遇无恶不作的赤发老魔阻挠，母因此失救致死。日儿被武功高强的老顽童收留，与老顽童的孙女月儿一起习武。日儿武功大进，常想着为母报仇，偷偷与月儿下山，巧遇于大侠被老魔的手下围攻，日儿助于大侠退敌，知悉老魔有一统江湖的野心，将铲除祁家庄，江湖人士皆齐集祁家庄，商讨对付之法，日儿、月儿于是与于大侠同行。祁家庄布下天罗地网等待老魔，气氛凝重。老魔忽然带手下来到，两方人士势不两立，双方皆伤亡惨重，于大侠亦敌不过老魔，身受重伤。最后由日儿、月儿联手苦撑，老顽童后到指点两人，两人终杀了老魔，江湖恢复平静。。将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，于是不再像以往一样一起战斗，而是各自在喜欢的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！
这时，纽约市中发生一连串的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图征服纽约市，秘密培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在城市的角落里蠢蠢欲动！
神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，准备向黑暗势力出击！。
