1938年的秋天,在沂蒙山深处一个叫马牧池的小山村里,于大娘和丈夫李忠厚带着一家人正操办着二儿子继成的婚礼。看着幸福的小两口,于大娘的大儿媳"他大嫂"不禁想起了自己当年新婚之夜丈夫李继长逃婚而去。村里的二流子二孬跑来告诉大家来兵了,村里人惊慌失措的跑到了山沟里藏了起来。等兵都走了以后,大伙回到村里,发现村子竟然不仅没被洗劫,街道还被打扫干净,有的家里还留了现大洋作补偿,原来是八路军为了抗日挺进沂蒙山。 鬼子真的来了,村里人都藏到了后山里。于大娘的三女儿三妮被日本鬼子强暴后残忍地杀害,村里李继财的媳妇也被鬼子祸害而跳崖自杀。愤怒的村民打死了一个掉队的鬼子。 村长李大头带着大家商量着怎么抗击鬼子的报复,地主李忠奉家的大儿子从国民党部队回来探亲,李大头恳请他帮着找国军,吃了闭门羹。李大头们一面做好誓死抵抗的准备,一面派李继成和继善分头去找八路军和国民党军队...。2000年,一个科学探险队在南极洲针对被称作“第一使徒”亚当的“光之巨人”进行探险。在对其进行接触实验时,“光之巨人”自毁,从而发生了“第二次冲击”,进而导致世界大战。最后,人类人口减半,地轴偏转、气候改变。根据对“第二次冲击”的调查,联合国在日本箱根成立人工进化研究所(即GEHIRN)从事EVA(指机器人)的发展研究,后GEHIRN利用在人工进化研究所下方发现的巨大空洞建造了总部。
另一方面,联合国下属秘密组织SEELE为了使人类进化,开始实行人类补完计划,就是将所有人的灵魂汇集在一起,通过中和每个人的AT力场,使每个人回归LCL之海。
2004年,EVA初号机进行启动试验时发生事故,碇真嗣的母亲碇唯消失,碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年,GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始,根据SEELE人类补完计划剧本的安排,一种不明巨型生物“使徒” 开始在日本登陆,并向NERV总部进攻,NERV组织EVA消灭使徒。在NERV与使徒作战的同时,碇源堂秘密地执行它自己的计划。随着时间推移,碇源堂 的计划逐渐被SEELE发现,NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中,NERV于SEELE的矛盾激 化,SEELE派出军队进攻NERV,在占领了NERV后发动了第三次冲击。全人类全部化为LCL之海,只有碇真嗣和明日香留了下来。。