延续前一集的剧情,狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛里亚以及企鹅们,为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约,对一架破旧的失事飞机进行维修改造,并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时,飞机却意外降落,迫降到了非洲大草原上。在这儿,狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样,而且言行举止各异,使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们,在这野外艰难的环境中应该怎么办?虽然在这儿遇见了自己的同类,但因为习性不同,使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境,与同类们建立良好的关系,大家都是施展各种招式,笑料百出。。残忍的杀手乔尼消灭了隐藏在曼哈顿的对手,让人震惊的是,他发现一个两岁的小男孩见证了其残酷的犯罪行径。当他的老板下令让他除掉目击者,乔尼内心的斗争十分激烈。在他爱上孩子的母亲后,这种斗争愈演愈烈,小孩的母亲是个有过离婚经厉的美丽女人,她格外珍惜这份感情,可是她没有意识到他的的情人己经悄悄制定了血腥的计划……。故事发生在清朝末年八国联军进北京,西太后老佛爷被迫南逃。当时的中国外有八国联军入侵,内有义和团作乱全国属于无政府状态。
甲状县的张县太爷(秦教授饰)新婚之夜突然死亡,朝廷又大乱派不来新老爷。于是四个衙役没了工资,正当他们要罢工不干的时候师爷(金霏饰)出现。师爷告诉他们,你们平日里仗着自己是官人欺行霸市、吃拿卡要、胡作非为。老百姓对你们敢怒不敢言,如果你们脱去衙役的衣服,上街就得被老百姓活活打死。吓得四个衙役打消了不干的想法,可是没有来钱道实在活不下去。师爷告诉他们只有我们知道朝廷派不下来县老爷,可是老百姓不知道。我们可以找人冒名顶替,于是四个衙役跃跃欲试都想当老爷。师爷说我们都不能当老爷:第一、我们在本县都是熟脸连个功名都没有,怎么可能当老爷。第二、万一以后朝廷稳定了,查出此事我们属于欺上瞒下要杀头的。
正当四个衙役手足无措的时候,师爷告诉他们我们可以找个傀儡老爷。利用他的老爷身份为我们服务,万一出了什么事情我们就把他扔出去当替罪羊。最后大家一致同意从死囚牢找个替罪羊。
师爷来到死囚牢选中了被诬入狱的冤大头(陈曦饰),百般威胁利诱之下大头同意做老爷。开始了一段爆笑不断的离奇冒险故事。。