20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。该剧设定在后末世的废土上,无名氏John Doe(安东尼·麦凯 Anthony Mackie 饰)是一个对过去毫无记忆的送奶工,口齿伶俐,车速也飞快。某次他得到了一个过上更好生活的机会——将一个神秘的包裹运送到后末世世界的荒原中。途中他和凶猛好战的偷车贼Quiet(斯蒂芬妮·比翠丝 Stephanie Beatriz 饰)建立了敌对关系,两人在这条道路上面临各种威胁:野蛮的掠夺者和开冰激凌卡车的精神错乱的小丑(威尔·阿奈特 Will Arnett 配音)。。江户时代魔鬼横行,为了对抗伪装成人类的魔鬼,一群有志之士成立了一个名叫“鬼御门”的组织。其中一个高手病叶出门(市川染五郎 饰 ),被称作“杀鬼者”,五年前他神秘地离开组织,来到第四代鹤屋南北(小日向文世 饰)开办的剧场做演员。此时在江户出现了一个名叫“暗夜的茶花”的盗贼, 实际上她们是一群表面上以云游表演为生的女子,其中最美的是一个叫椿(宫泽理惠 饰)的女子。病叶偶然邂逅了椿,两人相爱了。假扮成尼姑的恶鬼首领美惨(樋口可南子 饰),无意中发现了椿肩膀上的阿修罗王的标记,可是椿对此一无所知,在美惨的推波助澜下,在病叶与椿结合的一瞬间真相终于浮出水面。鬼王阿修罗重生,阿修罗城出现在了世人面前。。