影片讲述小黄人们在遇到最新一代主人格鲁之前的经历。从史前时代开始,小黄人接连辅佐霸王龙、彪悍野人、吸血鬼德古拉等邪恶主人,只不过这些坏蛋的下场都不怎么样,无一不是尸骨无存。可见,小黄人们尽管“一心向恶”,但天生的“萌蠢”却让他们成为不折不扣的罪恶克星。
本片的三个主角,鲍勃、凯文和斯图尔特在“坏蛋大会”上遇到女魔头斯嘉丽·杀人狂,并计划协助这位新主人窃取伊丽莎白女王的王冠。当然,“成事不足败事有余”的小黄人们自然也没让观众失望,“成功”地被女王击败。气急败坏的女魔头想通过枪杀、上吊等手段惩罚小黄人,只可惜“萌蠢”爆点层出不穷,笑点一个接一个,让人忍俊不禁……。超人佳亞從「根源破壞招致物體」手上拯救了地球之後,高山我夢(超人佳亞)重回到城南大學的校園,過著平靜的每一日。他現在擁有的變身器Esplander也已經失去了超人的光茫。 一方面地球又開始受某些東西的侵略了……。我夢再次被特種迎戰保衛隊XIG召集。終於,根源破壞海神Gakuzomu、根源破壞飛行魚Rozan出現了。究竟失去了超人的光茫的高山我夢和藤宮博也能否取回超人的光茫?而地球的命運又會如何?。亚利西亚联邦研发的宇宙铁人——空迪因和陆迪因突然萌发了自主意识,他们袭击了布林克博士,意图实行反人类计划。但布林克博士死前下了一道限制,所以空迪因和陆迪因不得不以人类的形态活动。他们想夺取人造卫星武器“XV2”的力量,因此空迪因化身为“OSTO·Legacy”的白山静,前往天高找上了假面骑士部。她谎称需要借助假面骑士部的力量来阻止宇宙铁人的阴谋,将弦太朗一行人骗去了太空。但亚利西亚联邦特工——因娜布林克,联同她的拍挡黑骑士,一直在阻碍大家,数次交手后,流星和友子发现因娜似乎并不是他们想象中冷血无情的杀手。问清事情缘由后,弦太朗一行人得知这一切都是空迪因和陆迪因的险恶阴谋!但限制已经解除,弦太朗和流星即使变身为假面骑士卌骑、假面骑士流星,也难以抵挡空迪因和陆迪因兄妹联手。苦战过后,天文开关也全部受损,弦太朗身受重伤,情况十分危急,友情的力量能否拯救众人度过这次危机呢……。