故事发生在私立学院的解谜部之中,井藤野乃叶(清水香里 配音)是解谜部的创始人,解谜部以解开世界各地难解之谜,参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。
个性阳光开朗,运动万能的大门界人(浅沼晋太郎 配音)、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门(福山润 配音)、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克(宫田幸季 配音)、学生会会长轴川总司(石田彰 配音),在解谜部中汇聚了各路高智商大神,其中,大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注,他们通过暗中操纵,使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险游戏。。美国加州某大学,佐伊·麦康奈尔(奥利维亚·王尔德 Olivia Wilde 饰)和恋人兼合作者弗兰克·沃顿(马克·杜普拉斯 Mark Duplass 饰)正在进行一项复生项目,在新人艾娃摄像机的记录下,他们以及团队成员克莱、尼克即将迎来项目的里程碑时刻。历经艰辛,他们的实验终于获得成功,一条早已死亡的狗成功复生。可就在此时,他们的研究内容被校方和资助公司获知,数年来辛勤的研究成果和数据全部被资助方收走。不甘心失败的佐伊和弗兰克等人趁着夜晚再度闯入实验室,谁知期间发生意外,佐伊不幸触电身亡。
悲痛万分的弗兰克抢救无效,这是他突然冒出将尚未确定副作用的血清注入佐伊的身体中……。2002年10月19日,专事袭击犯罪交易现场获取高额赃款的宫本(金城武 饰),在一次行动中发现参与交易的一方居然是自己的仇敌沟口(岸谷五郎 饰),宫本的故人昔日被沟口所杀,正欲复仇的宫本却被一个突然出现的少女美里(铃木杏 饰)打乱了步骤,只得听任沟口逃离。美里自称是来自2084年的未来人。未来的世界遭到外星人袭击,躲避在西藏的幸存人类试图运用失控转移器将里美输送到2002年来改变历史拯救人类。里美的任务只剩两天时间,只好请求宫本协助她拯救世界。宫本对里美的故事嗤之以鼻,他首先要解决的敌人是有着三合会背景的沟口,然而在里美的威逼之下,宫本只好扮演起救世主……。