未来世界,人类世界科技高度发达,人工智能机器人的研发得到前所未有的进展。在荷兰的阿姆斯特丹,一对情侣发生了争吵。青年汤姆托言向往太空遨游,西莉亚则大骂这个负心男孩,指责他无法接受她的机械手臂和智能机器人身份。这一事件,让整个世界的命运发生巨变。此去经年,以西莉亚为代表的智能机器人统治了全世界,人类文明几近毁灭。在城市的某个角落,反抗组织的人类研发了时光机,他们找到已经变成老翁的汤姆,希望他回到过去,对西莉亚做出合理的解释,以改变这残酷的未来。
与此同时,感知到什么的机器人军队开始进攻他们的基地……。在这个维度里,世界被分为“海”和“空”两大空间,在海中居住着被称为“海人”的古老民族,在幽暗宁静的海底,他们过着平静纯洁的生活。和海人相对应的,则是在陆地上居住的“空人”,由于缺乏了解,在海人的心目中,空人一直都是高大可怖的存在。
一日,海人马琳(阿澄佳奈 配音)在海底捡到了一枚戒指,为了将它归还给失主,她和妹妹乌琳(堀江由衣 配音)来到陆地上,开始了一场大冒险。马琳顺利找到了戒指的主人宫守夏音(寿美菜子 配音),可是由于夏音的任性,戒指再度丢失。在寻找戒指的途中,马琳意外的打开了装载着邪恶力量的石棺,世界陷入了危机之中。与此同时,栖息在马琳和夏音体内的巫女力量也开始觉醒,作为“海之巫女”和“空之巫女”,女孩们能够战胜凶恶的幽灵吗?。一个夜黑风高的夜晚,在那一边荒地的庄园里,到处充满着恐怖与血腥。一群特别怪异的东西在那儿晃来晃去的,让人不敢靠近,原来这就是传说中的异形人类。在庄园主的带领下,由几个不怕异形的年轻人组成了一支特别敢死队。