1939年的德国,9岁的小女孩莉赛尔和弟弟被迫送往慕尼黑远郊的寄养家庭。6岁的弟弟不幸死在了路途中。在冷清的葬礼后,莉赛尔意外得到她的第一本书《掘墓人手册》。 这将是14本给她带来无限安慰的书之一。她是个孤苦的孩子,父亲被打上了共产主义者的烙印,被纳粹带走了;母亲随后也失踪了。在弹奏手风琴的养父的帮助下,她学会了阅读。尽管生活艰苦,她却发现了一个比食物更难以抗拒的东西——书。她忍不住开始偷书。莉赛尔,这个被死神称为“偷书贼”的可怜女孩,在战乱的德国努力地生存着,并不可思议地帮助了周围同样承受苦难的人。。距圣诞节仅有8天时间,SOS团在凉宫春日的号召下,不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨,阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……。