第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。邪恶天才科学家地狱博士(石冢运升配音)企图征服世界,人类因此而陷入灭亡危机,在驾驶魔神Z的兜甲儿(森久保祥太郎配音)以及其他伙伴们的努力下,世界得以恢复和平。十年后,兜甲儿不再是超级机器人的驾驶员,而是成为了一名科学家。某日,他在富士山地底见到了被埋在山底的超巨大遗迹——INFINITY无限魔神,以及同时出现的神秘生命体“莉莎”(上坂堇配音)。而在同一时刻,地狱博士突然神秘地复活了,他还打算利用INFINITY无限魔神所潜藏的无限可能性,完成他征服世界的野心……就在这千钧一发之际,传说中的驾驶员兜甲儿与魔神Z再次挺身而出拯救人类…。一对名为阿德莱德和盖博的夫妻带着孩子到海滨度假,这里曾经是阿莱德莱童年的娱乐场所。在海滨与泰勒一家玩了一天之后,阿德莱德愈发地无法从往昔的伤痛中走出,他越来越觉得自己的家庭将要发生灾难。到了晚上,他们一家甚至看到有四个人手拉手在行车道上站立,似乎有更多诡异的事情等待着他们。。