自世界各地出现连接异次元与现实世界的通路「传送门」,已过了十多年。觉醒了特殊能力,被称为「猎人」的人们,与存在于传送门里地下城内的魔兽不断厮杀。猎人的能力在觉醒后就不再有成长空间,其等级也不会再有变化。然而,被称作是人类最弱兵器的程肖宇,在一次双重地下城的突击任务中得到了只有自己能够「升级」的能力,得以在战斗中不断变强。顺利通过转职任务,得到能操纵暗影士兵的职业「暗影君主」的肖宇,为了取得或许能医治母亲病情的道具「生命神水」的素材,而投身于新的战斗之中。。故事发生在日本的元志元年,江湖险恶,人心动荡。为了复仇,个头矮小父母双亡的少年铁之助(小林由美子 配音)以成为“鬼”为目标,要求加入当时十分有威望的武士组织新撰组。在新撰组里,铁之助认识了外表温柔剑术高超的一番组组长冲田总司(斋贺弥月 配音),以及外表鬼畜却心思细密的新撰组副长土方岁三(中田让治 配音)。组中各类有趣的人等让铁之助的生后变得多姿多彩,而柔弱的少女沙夜(高桥美佳子 配音)更是撩动了少年稚嫩的心弦。
在新撰组内,严明的纪律必不可少,有时甚至严苛到了违背人性的地步。目睹着和激进攘夷派做着不懈斗争的组员,看着他们为了维护自己的尊严宁可丢失性命,铁之助在心里暗下决心,要让这武士道精神流传下去。。