抗日战争时期,年轻的女考古学家方志珍与父亲方教授同在大学任教,志珍怀着强烈的爱国心决心把失落民间的神医华佗的医著寻找回来。志珍和日本考古学家川多磨在一座古塔中发现两颗明珠,却被也来寻书的德国人干戈一伙抢走,不久,川多磨奉命回国前夕,突然被指令留下寻找华佗医书,并有浪人西协美知子和高城丈二相助。干戈利诱大学教授携手寻书,志珍被他的无耻行径激怒,为尽快找到医书,她们来到漆黑的秘宫,在一颗明珠上找到了线索。她们立即赶到陈教授家,在一幅于禁跪送华佗的画里找到了“开启天门之匙”的字样。干戈随后而至,字迹已被志珍抹去。火车站上,志珍与川多磨相遇。川多磨直言相告,志珍更坚定了保住国宝的决心。她蓦然想起老同学蓝天曾说过家有宝物,是两把“开启天门之匙”。她与川多磨找到蓝天,蓝天慨然相赠,不料干戈的爪牙白痴突然将钥匙抢走,争斗中,白痴摔倒在炉旁石头上,烫热的钥匙在他前额...。距圣诞节仅有8天时间,SOS团在凉宫春日的号召下,不出意料地策划了一场圣诞狂欢派对。但就在12月18日这天早晨,阿虚却发现周围的世界有了些许变化。1年9班消失不见,朝比奈学姐视其形同路人,甚至早已死去的朝仓也代替凉宫春日坐在了阿虚的后面,而春日则如同人间蒸发一般无人知晓。当他冲向SOS团的教室时,只看到了孤零零坐在角落里看书的长门有希,一向淡定自若、冷如冰霜的长门大神也变成了怯懦害羞的乖乖女。从前一日长门留下的蛛丝马迹中,阿虚判断出这个世界似乎被某人重组了一番。
此时的阿虚,握有连接两个绝然不同世界的钥匙,他面临着重大的选择……。