一个男人(冢本晋也饰)从昏迷中醒来,突然发现自己置身于一间昏暗类似迷宫的房间(地下室)里,关于自己的一切完全没有头绪,记忆尽失。是幻觉,还是恶梦?然而腹部的伤口却分明清晰和疼痛着。他尝试在逼仄的空间里移动身体,小心翼翼寻找出口,其间更是目睹了地狱般的分尸场景。 终于他遇到一个同样腹部受伤的女子(藤井かほり 饰),他们共同思索着被囚禁的原因,依然没有头绪,却也渐渐逼近事实真相。女子无论如何也要找到出口,离开这个地狱般的场所。他们从陈尸池跳下,游过不知多少路途,最终回到人间,而真相却令他感慨万分……。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。